Har nu hittat felet!
Det var jag själv (den som inte är överraskad räcker upp en hand).
En katalog med blandat innehåll låg både under "compilations"-mappen och utanför densamma, därför "spillde" artisterna ut i den långa artistlistan. Så skit bakom spaken var felet (även denna gång).
Lärde mig dessutom att Twonky *INTE* hanterar ID3V3-taggar i FLAC-filen (som inte är en godkänd standard, men alla program jag testat förutom Twonky hanterar dem ändå, trots att det endast är VORBIS som är godkänt som tag i FLAC).
Så om ni hittar låtar/album under titeln "Unknown" trots att ert taggningsprogram hävdar motsatsen, så är det troligen ID3V2-taggar istället för VORBIS (även kallad FLAC-tag).
Lösningen är att ta bort ID3V2-taggen. Jag använde mp3tag som var det enda programmet jag hittade som uttryckligen talade om att FLAC-filen hade ID3V2 eller standard-tag. Välj "remove tag" i Mp3tag följt av "undo" så skrivs taggen tillbaka, fast i FLAC-format.
Rippar man med EAC och Linns tillhandahållna konfigureringsfil så är detta troligen redan fixat, men för alla andra som använder andra program eller konfigurerat EAC själva: skriv *INTE* ID3V2-taggar (klicka ur optionen).
Om ni *host* laddat från nätet *host* så finns det även där anledning att kolla så att det inte är ID3V2-taggar i flac-filerna.
För övrigt blir jag återigen imponerad över Slimdevices smarta produktportfölj. När kommer Linn med sin?
http://www.slimdevices.com/pi_boom.html